สโมสรฟุตบอลแมนเชสเตอร์ซิตี ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2423 (ค.ศ. 1880) ในชื่อทีม เซนต์มาร์กส์ (เวสต์กอร์ตัน) โดยมี แอนนา คอนเนลล์ และ ผู้ดูแลโบสถ์ เซนต์ มาร์กส์ อีก 2 คน เป็นผู้ร่วมก่อตั้ง
แต่เดิม ทีมนี้ตั้งอยู่ที่ ตำบลกอร์ตัน ทางตะวันออก ของเมืองแมนเชสเตอร์ ก่อนจะย้ายไปอยู่ที่สนามใหม่ ในย่านไฮด์ โรด ของเมืองอาร์ดวิก ใกล้กับแมนเชสเตอร์ และได้เปลี่ยนชื่อทีมไปเป็น อาร์ดวิกเอเอฟซี ตามสถานที่ตั้ง จากนั้น อาร์ดวิก ได้เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลลีกอังกฤษ ในฐานะสมาชิกก่อตั้ง ในระดับดิวิชั่น 2 เมื่อปี พ.ศ. 2435 (ค.ศ. 1892)
กระทั่งถึง ฤดูกาล 2436 - 2437 (ค.ศ. 1893 - 1894) ทีมมีปัญหาด้านการเงินอย่างหนัก จนต้องมีการรื้อระบบการบริหารทีมครั้งใหญ่ และเปลี่ยนชื่อเป็น แมนเชสเตอร์ซิตีฟุตบอลคลับ จนถึงปัจจุบัน
ทีมได้เริ่มต้นความยิ่งใหญ่ ด้วยการเป็นแชมป์ ฟุตบอลลีกดิวิชั่น 2 ของอังกฤษ เป็นแชมป์แรก เมื่อปี พ.ศ. 2442 (ค.ศ. 1899) ทำให้พวกเขาเลื่อนชั้นขึ้นไปอยู่ใน ดิวิชั่น 1 ลีกสูงสุดของอังกฤษ (ในเวลานั้น) ก่อนจะมาได้แชมป์เอฟเอคัพ หลังเฉือนชนะ โบลตัน 1-0 ในรอบชิงชนะเลิศ เมื่อวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2447 (ค.ศ. 1904)
ขณะที่ผลงานกำลังไปได้ดี แต่กลับเกิดเพลิงไหม้ สนาม "ไฮด์โรด" ในปี พ.ศ. 2463 (ค.ศ. 1920) อัฒจันทร์หลักเสียหายอย่างมาก จนทำให้ต้องย้ายไปใช้ สนาม "เมนโรด" เป็นสนามเหย้าแห่งใหม่ ในปี พ.ศ. 2466 (ค.ศ. 1923)
กระทั่งในปี พ.ศ. 2546 (ค.ศ. 2003) ได้ย้ายสนามเหย้าอีกครั้ง ไปที่ สนาม "ซิตีออฟแมนเชสเตอร์" ซึ่งเป็นสนามปัจจุบัน ที่มีความโอ่อ่า ทันสมัย มีความจุถึง 48,000 ที่นั่ง โดยเช่าจากสภาเมืองแมนเชสเตอร์เป็นเวลาถึง 250 ปี และใช้เงินอีกราว 35 ล้านปอนด์ ในการปรับปรุงสนาม หลังจากใช้เป็นสถานที่จัดการแข่งขันกีฬาเครือจักรภพ ในปี พ.ศ. 2545 (ค.ศ. 2002)
การย้ายมาใช้สนามเหย้าแห่งใหม่ ทำให้สามารถรองรับแฟนบอลได้มากขึ้น เนื่องจากเป็นทีมที่มีแฟนบอลมากเป็นพิเศษ และติดตามเชียร์อย่างเหนียวแน่นมาตลอด แม้ทีมจะตกลงไปสู่ดิวิชั่นต่ำๆ ในหลายครั้งก็ตาม ปัจจุบัน ทีมมียอดผู้ชมในนัดเหย้า เฉลี่ยกว่า 39,000 คน ต่อนัด และคาดว่าจะมีชาวอังกฤษไม่ต่ำกว่า 400,000 คน และคนทั่วโลก อีกกว่า 2 ล้านคน ที่เป็นแฟนบอลของทีม
สนามฟุตบอลซิตีออฟแมนเชสเตอร์ สนามเหย้าของสโมสรนับตั้งแต่ก่อตั้งทีม กว่า 1 ศตวรรษ มีเกียรติยศที่บันทึกไว้ คือ เป็นแชมป์ลีกสูงสุด 2 สมัย ในปี พ.ศ. 2480 (ค.ศ. 1937) และ พ.ศ. 2511 (ค.ศ. 1968) แชมป์เอฟเอคัพ 4 สมัย แชมป์ลีกคัพ 2 สมัย และ เป็นแชมป์ ยูฟ่า คัพ วินเนอร์ส คัพ อีก 1 สมัย
ในยุคที่นับว่ารุ่งเรืองที่สุด คือ ช่วงปลายปี พ.ศ. 2500เรื่อยมา เนื่องจากทีมชุดนี้ สามารถขึ้นไปถึงตำแหน่งแชมป์ได้หลายรายการ โดยมี โจ เมอร์เซอร์ เป็นผู้จัดการทีม และ มัลคอล์ม อัลลิสสัน เป็นผู้ช่วยผู้จัดการทีม รวมถึง มียอดนักเตะชื่อดังมากมาย อาทิ โคลิน เบลล์
แต่หลังจากเป็นแชมป์ลีกคัพ ในปี พ.ศ. 2519 (ค.ศ. 1976) พวกเขาก็ไม่ได้ขึ้นถึงตำแหน่งแชมป์ ในรายการสำคัญอีกเลย และยังมีผลงานไม่ค่อยดีนักมาตลอด โดยเฉพาะ ในช่วงปี พ.ศ. 2530 พวกเขาต้องตกชั้น 2 ครั้ง ในรอบ 3 ปี จนลงไปอยู่ใน ดิวิชั่น 3 เดิม อยู่ถึง 1 ปี
อย่างไรก็ตาม ทีมก็สามารถกลับขึ้นมาสู่ลีกสูงสุด และยังคงรักษาตัวไว้ได้อย่างมั่นคง แม้ผลงานของทีม มักอยู่ในช่วงกลางตาราง ค่อนไปทางท้ายก็ตาม โดยจบ ฤดูกาล 2006-2007 ในอันดับที่ 14 ของพรีเมียร์ลีก |
