สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ก่อตั้ง เมื่อปี พ.ศ. 2542 เพื่อทำการแข่งขันรายการ ไทยแลนด์โปรวินเชี่ยล ลีค ซึ่งก่อตั้งโดยการกีฬาแห่งประเทศ ไทย ร่วมมือกันสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยจัดเป็นโครงการนำร่อง 5 ปี โดยมี ท่าน ส.ส. บุญชงค์ วีสมหมาย เป็นประธานสโมสร และแค่ปีแรกที่ก่อตั้ง ก็ได้รางวัลชนะเลิศการแข่งขัน โปรลีก ทันทีหลังจากนั้น สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ก็เข้าร่วมแข่งขันโปรลีก ทุกครั้ง ในชื่อ ศรีสะเกษ สติลร้อค แต่ก็ไม่สามารถชนะเลิศได้เพิ่มเติม โดยทำได้ดีทีสุด คือ ปี 2546 จบฤดูกาลที่ลำดับที่ 5

ผลงาน
-การแข่งขันฟุตบอลโปรวิลเชียล ลีก ครั้งที่ 1 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ  ได้ตำแหน่งชนะเลิศ
-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครังที่ 2 ปี พ.ศ. 2543 – 2544 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ได้อันดับที่  5
-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครั้งที่ 3 ปี พ.ศ. 2544 – 2545 จัดการแข่งขันแบบแบ่งโซน เนื่องจากในปีดังกล่าวมีการแข่งขันฟุตบอลโลกปี 2002 ฝ่ายจัดการแข่งขันต้องการเร่งการแข่งขันให้จบเร็วขึ้น สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ  จบการแข่งขันฤดูการนี้ได้อันดับ 5 ของกลุ่ม A ไม่ผ่านการคัดเลือกไปเล่นรอบสุดท้าย
-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครั้งที่ 4 ปี พ.ศ. 2545 – 2546 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ได้อันดับที่ 5-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครั้งที่ 5 ปี พ.ศ. 2546 – 2547 กกท. ได้มีมติในที่ประชุมให้มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันเพียง 10 ทีม สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ได้อันดับที่  4
-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครั้งที่ 6 ปี พ.ศ. 2547 – 2548 สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ  ได้อันดับ  6 
-ฟุตบอลโปรวิลเชียลลีก ครั้งที่ 7 ปี พ.ศ. 2548 – 2549 กกท. ได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อการแข่งขันฟุตบอลโปรวิลเชียล ลีก เป็น การแข่งขันฟุตบอลโปรเฟรสน่อล ลีก เพื่อพัฒนาเป็นการแข่งขันฟุตบอลอาชีพอย่างเต็มรูปแบบ สโมสรฟุตบอลฟุตบอลจังหวัดศรีสะเกษ  จบฤดูกาลแข่งขัน ในอันดับที่ 12 

ต่อมาปี 2550 ได้มีการรวมลีกทั้งสอง คือ ไทยแลนด์ พี เมียร์ ลีก  และ โปรเฟรสน่อล ลีก ภายไต้การดูแลของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยทีมสโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ ถูกจัดให้เข้าไปแข่งขัน ในลีกดิวิชั่น 1 กลุ่ม B (เป็นลีกฟุตบอล  ชั้นที่ 2 ของประเทศไทย) รวมทั้งหมด 12 ทีม คือ
  -ทีมจุฬา-สินธนา 
-ทีมทหารอากาศ
-ทีมจังหวัดสมุทรสงคราม
-ทีมจังหวัดนครสวรรค์
-ทีมจังหวัดพิษณุโลก
-ทีมจังหวัดจันทบุรี
-ทีมจังหวัดศรีสะเกษ
-ทีมจังหวัดนครราชสีมา
-ทีมจังหวัดฉะเชิงเทรา
-ทีมศรีราชา-สันนิบาต
-ทีมนอร์ทกรุงเทพ  –เซ็นทรัล
-ทีมหน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน (ขอบคุณข้อมูลดีๆจากอาจารย์หนุ่ยไทยแลนด์สู้สู้)

ปัจุบันสโมสรฟุตบอลจังหวัดศรีสะเกษเล่นอยู่ในระดับลีกดิวิชั่น1ประเทศไทย

และกำลังมีลุ้นขึ้นสู่ลีกสูงสุดของประเทศไทยนั่นคือ ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก

ซึ่งสโมสรฟุตบอลจังหวัดศรีสะเกษอยู่ในอันดับที่3 ณ.ขณะนี้ ซึ่งไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก

จะคัดเอา3ทีมจากดิวิชั่น1ขึ้นสู่ลีกสูงสุดคือ อันดับ 1-2-3 ขึ้นสู่ไทยลีก

แชมป์ รองแชมป์ และอันดับ 3 ครับได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่ไทยพรีเมียร์ลีก

http://www.sisaketfc.com